## myrna commands used to create count tables ## these commands link to manifests stored in Amazon S3 ## manifests available for download at bowtie-bio.sourceforge.net/recount/ ## reference jars are available for download at the myrna website # bottomly $MYRNA_HOME/myrna_emr \ --preprocess \ --input=s3n://myrna-tmp/bottomly-new/manifest/bottomly.manifest \ --output=s3n://myrna-tmp/bottomly-new/bottomly_output \ --reference=s3n://myrna-refs/mouse_ensembl_61.jar \ --tempdir=/tmp/myrna-afrazee/invoke.scripts \ --instances=8 \ --name "bottomly" \ --pool-tech-reps \ --bowtie-args="-v 2 -m 1" \ --truncate=35 \ --gene-footprint=intersect \ --from-middle ## CHEUNG $MYRNA_HOME/myrna_emr \ --preprocess \ --input=s3n://myrna-tmp/cheung/manifest/cheung.manifest \ --output=s3n://myrna-tmp/cheung/cheung_output \ --reference=s3n://myrna-refs/human_ensembl_61.jar \ --tempdir=/tmp/myrna-afrazee/invoke.scripts\ --instances=8 \ --pool-tech-reps \ --bowtie-args="-v 2 -m 1" \ --truncate=35 \ --gene-footprint=intersect \ --name "cheung-run" \ --from-middle ## MAQC $MYRNA_HOME/myrna_emr \ --preprocess \ --input=s3n://myrna-tmp/maqc/manifest/maqc.manifest \ --output=s3n://myrna-tmp/maqc/maqc_output \ --reference=s3n://myrna-refs/human_ensembl_61.jar \ --tempdir=/tmp/myrna-afrazee/invoke.scripts\ --instances=8 \ --name "MAQC" \ --bowtie-args="-v 2 -m 1" \ --truncate=35 \ --gene-footprint=intersect \ --from-middle ## GILAD $MYRNA_HOME/myrna_emr \ --preprocess \ --input=s3n://myrna-tmp/gilad/manifest/gilad.manifest \ --output=s3n://myrna-tmp/gilad/gilad_output \ --reference=s3n://myrna-refs/human_ensembl_61.jar \ --tempdir=/tmp/myrna-afrazee/invoke.scripts\ --instances=8 \ --pool-tech-reps \ --name "gilad" \ --bowtie-args="-v 2 -m 1" \ --truncate=35 \ --gene-footprint=intersect \ --from-middle ## NAGALAKSHMI $MYRNA_HOME/myrna_emr \ --preprocess \ --input=s3n://myrna-tmp/nagalakshmi/manifest/nagalakshmi.manifest \ --output=s3n://myrna-tmp/nagalakshmi/nagalakshmi_output \ --reference=s3n://myrna-refs/yeast_ensembl_61.jar \ --tempdir=/tmp/myrna-afrazee/invoke.scripts\ --instances=8 \ --name "nagalakshmi" \ --pool-tech-reps \ --bowtie-args="-v 2 -m 1" \ --truncate=35 \ --gene-footprint=intersect \ --from-middle ## CORE $MYRNA_HOME/myrna_emr \ --preprocess \ --input=s3n://myrna-tmp/core/manifest/core.manifest \ --output=s3n://myrna-tmp/core/core_output \ --reference=s3n://myrna-refs/human_ensembl_61.jar \ --tempdir=/tmp/myrna-afrazee/invoke.scripts \ --instances=8 \ --name "core" \ --pool-tech-reps \ --bowtie-args="-v 2 -m 1" \ --truncate=35 \ --gene-footprint=intersect \ --from-middle ## HAMMER $MYRNA_HOME/myrna_emr \ --preprocess \ --input=s3n://myrna-tmp/hammer/manifest/hammer.manifest \ --output=s3n://myrna-tmp/hammer/hammer_output \ --reference=s3n://myrna-refs/rat_ensembl_61.jar \ --tempdir=/tmp/myrna-afrazee/invoke.scripts \ --instances=8 \ --name "hammer" \ --pool-tech-reps \ --bowtie-args="-v 2 -m 1" \ --truncate=35 \ --gene-footprint=intersect \ --from-middle ## KATZ-HUMAN $MYRNA_HOME/myrna_emr \ --preprocess \ --input=s3n://myrna-tmp/katzhuman/manifest/katzhuman.manifest \ --output=s3n://myrna-tmp/katzhuman/katzhuman_output \ --reference=s3n://myrna-refs/human_ensembl_61.jar \ --tempdir=/tmp/myrna-afrazee/invoke.scripts \ --instances=8 \ --name "katz-human-run" \ --pool-tech-reps \ --bowtie-args="-v 2 -m 1" \ --truncate=35 \ --gene-footprint=intersect \ --from-middle ## KATZ-MOUSE $MYRNA_HOME/myrna_emr \ --preprocess \ --input=s3n://myrna-tmp/katzmouse/manifest/katzmouse.manifest \ --output=s3n://myrna-tmp/katzmouse/katzmouse_output \ --reference=s3n://myrna-refs/mouse_ensembl_61.jar \ --tempdir=/tmp/myrna-afrazee/invoke.scripts \ --instances=8 \ --name "katz-mouse-run" \ --bowtie-args="-v 2 -m 1" \ --truncate=35 \ --gene-footprint=intersect \ --from-middle \ --pool-tech-reps ## modENCODE-FLY $MYRNA_HOME/myrna_emr \ --preprocess \ --input=s3n://myrna-tmp/modencodefly/manifest/modencode-fly.manifest \ --output=s3n://myrna-tmp/modencodefly/modencodefly_output \ --reference=s3n://myrna-refs/fly_ensembl_61.jar \ --tempdir=/tmp/myrna-afrazee/invoke.scripts \ --instances=8 \ --name "modencode-fly-run" \ --pool-tech-reps \ --bowtie-args="-v 2 -m 1" \ --truncate=35 \ --gene-footprint=intersect \ --from-middle ## modENCODE-WORM $MYRNA_HOME/myrna_emr \ --preprocess \ --input=s3n://myrna-tmp/modencodeworm/manifest/modencode-worm.manifest \ --output=s3n://myrna-tmp/modencodeworm/modencodeworm_output \ --reference=s3n://myrna-refs/worm_ensembl_61.jar \ --tempdir=/tmp/myrna-afrazee/invoke.scripts \ --instances=8 \ --name "modencode-worm-run" \ --pool-tech-reps \ --bowtie-args="-v 2 -m 1" \ --truncate=35 \ --gene-footprint=intersect \ --from-middle ## MORTAZAVI $MYRNA_HOME/myrna_emr \ --preprocess \ --input=s3n://myrna-tmp/mortazavi/manifest/mortazavi.manifest \ --output=s3n://myrna-tmp/mortazavi/mortazavi_output \ --reference=s3n://myrna-refs/mouse_ensembl_61.jar \ --tempdir=/tmp/myrna-afrazee/invoke.scripts\ --instances=8 \ --name "mortazavi-run" \ --pool-tech-reps \ --bowtie-args="-v 2 -m 1" \ --truncate=35 \ --gene-footprint=intersect \ --from-middle ## SULTAN $MYRNA_HOME/myrna_emr \ --preprocess \ --input=s3n://myrna-tmp/sultan/manifest/sultan.manifest \ --output=s3n://myrna-tmp/sultan/sultan_output \ --reference=s3n://myrna-refs/human_ensembl_61.jar \ --tempdir=/tmp/myrna-afrazee/invoke.scripts \ --instances=8 \ --name "sultan" \ --pool-tech-reps \ --bowtie-args="-v 2 -m 1" \ --truncate=35 \ --gene-footprint=intersect \ --from-middle ## MONTGOMERY,PICKRELL $MYRNA_HOME/myrna_emr \ --preprocess \ --input=s3n://myrna-tmp/montpick/manifest/montpick.manifest \ --output=s3n://myrna-tmp/montpick/montpick_output \ --reference=s3n://myrna-refs/human_ensembl_61.jar \ --tempdir=/tmp/myrna-afrazee/invoke.scripts\ --instances=8 \ --name "Montgomery-Pickrell" \ --pool-tech-reps \ --bowtie-args="-v 2 -m 1" \ --truncate=35 \ --gene-footprint=intersect \ --from-middle ## WANG $MYRNA_HOME/myrna_emr \ --preprocess \ --input=s3n://myrna-tmp/wang/manifest/wang.manifest \ --output=s3n://myrna-tmp/wang/wang_output \ --reference=s3n://myrna-refs/human_ensembl_61.jar \ --tempdir=/tmp/myrna-afrazee/invoke.scripts\ --instances=8 \ --name "wang" \ --pool-tech-reps \ --bowtie-args="-v 2 -m 1" \ --truncate=35 \ --gene-footprint=intersect \ --from-middle ## YANG (MOUSE) $MYRNA_HOME/myrna_emr \ --preprocess \ --input=s3n://myrna-tmp/yang/manifest/yang.manifest \ --output=s3n://myrna-tmp/yang/yang_output \ --reference=s3n://myrna-refs/mouse_ensembl_61.jar \ --tempdir=/tmp/myrna-afrazee/invoke.scripts\ --instances=8 \ --name "yang" \ --pool-tech-reps \ --bowtie-args="-v 2 -m 1" \ --truncate=35 \ --gene-footprint=intersect \ --from-middle ## TRAPNELL $MYRNA_HOME/myrna_emr \ --preprocess \ --input=s3n://myrna-tmp/trapnell/manifest/trapnell.manifest \ --output=s3n://myrna-tmp/trapnell/trapnell_output \ --reference=s3n://myrna-refs/mouse_ensembl_61.jar \ --tempdir=/tmp/myrna-afrazee/invoke.scripts \ --instances=8 \ --name "trapnell" \ --pool-tech-reps \ --bowtie-args="-v 2 -m 1" \ --truncate=35 \ --gene-footprint=intersect \ --from-middle ## bodymap $MYRNA_HOME/myrna_emr \ --preprocess \ --input=s3n://myrna-tmp/bodymap/manifest/bodymap.manifest \ --output=s3n://myrna-tmp/bodymap/bodymap_output \ --reference=s3n://myrna-refs/human_ensembl_61.jar \ --tempdir=/tmp/myrna-afrazee/invoke.scripts \ --instances=8 \ --name "bodymap" \ --pool-tech-reps \ --bowtie-args="-v 2 -m 1" \ --truncate=35 \ --gene-footprint=intersect \ --from-middle